Μετά την κατάκτηση της Ελλάδας από τη ναζιστική Γερμανία, οι Ιταλοί, που η σφαίρα κατοχής τους περιελάμβανε την Ήπειρο, στρατολόγησαν έναν μεγάλο αριθμό μουσουλμάνων Τσάμηδων πολιτών για να τους υποστηρίξουν. Κατά τη διάρκεια της κατοχής, ένας σημαντικός αριθμός μουσουλμάνων Τσάμηδων ήταν υπεύθυνος για βαρβαρότητες εναντίον πατριωτών Ελλήνων, υποστηρίζοντας την πραγματοποίηση της Μεγάλης Αλβανίας.
Οι μουσουλμάνοι Τσάμηδες παράλληλα με τη Βέρμαχτ (εθνικοσοσιαλιστική Γερμανία) έπαιξαν βασικό ρόλο στο Ολοκαύτωμα στην Ελλάδα, συγκεντρώνοντας 2.000 Έλληνες Εβραίους και στέλνοντας τους στο Άουσβιτς και στο Μπίρκεναου.
Μετά τον Β' Παγκόσμιο Πόλεμο, 25.000 Αλβανοί Τσάμηδες εκτοπίστηκαν απο την Ελλάδα (Τσαμουριά). Αυτός ο πληθυσμός ήταν απόγονοι των τσάμηδων μπέηδων (μουσουλμάνοι φεουδάρχες υπό την Ισλαμική Οθωμανική αυτοκρατορία) που είχαν νωρίτερα δημεύσει μεγάλο μέρος της γης των μη μουσουλμάνων υπηκόων τους.
